Un certificato protetto, a volte indicato come certificato con chiave radice, è una terza identità qualificata con un livello di sicurezza. Il certificato protetto viene utilizzato quando un'identità viene convalidata come l'entità che sostiene di essere. Le autorità di certificazione considerate sicure in genere vengono indicate come certificati protetti. Se vi sono numerosi livelli di certificati protetti, non è necessario che vengano riverificati per un certificato di livello inferiore tutti i relativi certificati di livello superiore.