システムとは、相互に機能することでアプリケーションをホスティングする、一連のインフラストラクチャ・コンポーネント（ホスト、データベース、アプリケーション・サーバーなど）を指します。たとえば、電子メール・アプリケーションはデータベース、リスナー、アプリケーション・サーバー、およびこれらのコンポーネントが常駐するホストによってホスティングされています。
Enterprise Managerでは、システムは新しいタイプのターゲットとしてモデル化されます。このシステム上で稼働するアプリケーションは、「サービス」と呼ばれる、別のタイプのターゲットとしてモデル化されます。Enterprise Managerで電子メール・アプリケーションを監視するには、最初に「メール・システム」などのシステムをEMで作成します。このシステムはデータベース、リスナー、アプリケーション・サーバー、および電子メール・アプリケーションが稼働するホスト・ターゲットで構成されます。次に電子メール・アプリケーションを表すサービス・ターゲットを作成してから、それがメール・システム・ターゲットで稼働することを指定します。
システムを定義する際、システム内のコンポーネント間の接続または相互関係を論理的に表すため、コンポーネント間の関連付けを指定できます。たとえば、データベースとリスナーの関係を示すためにその関連付けを定義できます。これらの関連付けはシステムのトポロジ・ビューアに表示されます。
一部のデータ・センターには、1つのアプリケーションまたはサービス専用のシステムがあります。その他のデータ・センターのシステムは複数のサービスをホスティングします。Enterprise Managerでは、データ・センターのセットアップ方法に基づいて、1つまたは複数のサービスをシステムに関連付けできます。
Enterprise Managerではグループにも、ジョブやブラックアウトなど、システムでサポートされているものと同じ機能があります。ただし、グループはシステムとは若干異なります。グループは、ターゲットをより効率的に管理および監視するためにグループ化する、あらゆるターゲットのセット（ネットワーク・グリッド内のすべてのホストなど）で構成されます。一方、システムは、アプリケーションまたはサービスをホスティングするため相互に機能するターゲットから成ります。
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